A AFP arranca em 1990 com um pequeno grupo de 6 farmácias. O grupo de pioneiros, por não aceitar as regras impostas pela única associação vigente à época, optou por fundar uma nova associação com o espírito, que prevalece, de “Servir as farmácias, e não, servir-se das farmácias”.

Em 1992, sob a presidência da Dr.ª Graça Pereira Lopes, são celebrados os protocolos com a ADSE, Ministério da Justiça e PSP. Entre 1992 e 1997 é estabelecido um conjunto alargado de protocolos com entidades públicas e privadas.

Já com 25 associadas, a Dr.ª Margarida Coutinho assume, em 1998, a presidência da Direcção e no ano seguinte a AFP participa, pela 1ª vez, na Comissão Nacional de Publicidade do Medicamento (CNPM) e aumenta o conjunto de protocolos.

Em 2004, quando o Dr. Alfredo Brito se torna o 3º presidente da AFP, são já 50 as associadas. O desenvolvimento dos seguros de saúde em Portugal, levam a AFP a assegurar protocolos com as empresas emissoras.

Em 2005, a Dr.ª Graça Pereira Lopes assume a presidência e em 2006, quando as farmácias aderem ao pagamento directo do Estado, a AFP passa a representar 75 associadas. Em 2008, a AFP passa a representar 100 associados, é assinado o protocolo de colaboração com a Universidade Lusófona e é lançado o Portal das farmácias (www.portaldasfarmacias.com). Em 2009, é lançada a revista “Infopharma”, com distribuição nacional.

Em 2010, a AFP celebra 20 anos de existência e a Dr.ª Maria Helena Castro Machado torna-se a 4ª Presidente eleita.